Project Server Permission Mode no es la configuración inicial de Project Server 2013 sino SharePoint Permission Mode, y si vienes de utilizar Project Server 2010 esto te podría causar confusión ya que muchas de las opciones de seguridad no aparecen disponibles.
Para cambiar a Project Server Permission Mode se tiene que utilizar el siguiente Windows powershell cmdlet:
Set-SPProjectPermissionMode [-Url] <Uri> [-Mode] <SharePoint | ProjectServer | UninitializedSharePoint | UninitializedProjectServer> [[-AdministratorAccount] <String>] [-AssignmentCollection <SPAssignmentCollection>
Ejemplo para cambiar Project Server Permission Mode
Set-SPPRojectPermissionMode –Url http://PS/pwa -AdministratorAccount msci\Javier.Perez -Mode ProjectServer
Para más información revisa el siguiente link: Set-SPPRojectPermissionMode
Una vez que se ejecuta el cmdlet podrás visualizar el Security Group.
Video
El siguiente video es de mucha utilidad para tener una visión mas general de los permisos: Understanding Project Server security modes
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